🧬 · Fly Batch Interference - 批量设计果蝇RNAi引物

Posted on 2025/2/8

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该脚本操作浏览器前往DSIR计算靶向序列，再根据Ni Lab’s Protocol设计shRNA的引物。注意：生成的引物特异性未经BLAST验证，请在使用前自行验证。

准备工作

• Python和selenium库
• WebDriver：
  前往浏览器的开发者网站下载对应的WebDriver。此处使用Microsoft Edge浏览器的msedgedriver，注意版本号一定与浏览器版本对应。下载好后存放在项目根目录下。
• FASTA文件：
  准备包含所有目标序列的单个FASTA文件。可以借助FlyBase ID Validator批量获取FlyBase ID，然后使用FlyBase Sequence Downloader的“Bulk ID”模式获取符合要求的FASTA文件。

get_AS_seq.py

确保msedgedriver放置在项目根目录下后，填写输入输出路径

fasta_file = "Example.fasta"
output_csv = "AS_results.csv"

运行脚本，静待操作完成。（观察到如果DSIR返回无结果，会等待一段时间再操作下一个序列，请耐心等待）
输出的cvs文件包含输入的被靶向序列和DSIR计算输出的前五个AS Sequence。

get_primers.py

填写输入输出路径

def main():
    input_file = 'AS_results.csv'
    output_file = 'Primer_results.csv'

可选输出带有隆起(bulge)的引物，沉默效果更好。

def main():
    ...
    generate_primers(row['AS Sequence - 1'], introduce_bulges=True)

运行脚本，得到含有引物序列的csv文件。